Simulasi pendahuluan protein FKBP12-Ligan S35DT untuk persiapan umbrella sampling

Djami, Umbu Djama Putra (2025) Simulasi pendahuluan protein FKBP12-Ligan S35DT untuk persiapan umbrella sampling. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

Preview	Text (ABSTRAK) new ABSTRAK UMBU.pdf Download (513kB) | Preview
Preview	Text (BAB 1) BAB 1.pdf Download (190kB) | Preview
	Text (BAB 2) BAB 2.pdf Restricted to Registered users only Download (430kB) | Request a copy
	Text (BAB 3) BAB 3.pdf Restricted to Registered users only Download (251kB) | Request a copy
	Text (BAB 4) BAB 4.pdf Restricted to Registered users only Download (614kB) | Request a copy
Preview	Text (BAB 5) BAB 5.pdf Download (197kB) | Preview

Abstract

FKBP12 (FK506 binding protein) merupakan protein dari famili FKBP yang memiliki aktivitas enzim peptidyl-prolyl cis/trans isomerase (PPIase). Pada penelitian ini akan mempelajari interaksi antara protein FKBP12 dan ligan S35Dt (senyawa turunan sikloheksimida dengan subtituen gugus adamantan menjauhi rongga pengikatan) menggunakan metode umbrella sampling. Simulasi pendahuluan umbrella sampling dilakukan dengan menggunakan fast pulling ligand (FPL). Pada simulasi ini akan dilakukan pengamatan beberapa parameter simulasi seperti root mean square standard (RMSD), root mean square fluctuation (RMSF), gaya tarik, jarak center of mass (COM), dan interaksi ikatan hidrogen dan hidrofobik selama simulasi menggunakan tiga kecepatan tarikan yaitu 0,01 nm ps-1, 0,005 nm ps-1, dan 0,001 nm ps-1. Penilitian ini menunjukan bahwa kecepatan tarikan jarak COM semakin cepat intreraksi FKBP12-S35Dt terlepas. Interaksi FKBP12-S35Dt terlepas pada waktu 50, 113, dan 279 ps masing-masing untuk kecepatan tarikan 0,01 nm ps-1, 0,005 nm ps-1, dan 0,001 nm ps-1. Gaya tarik menarik antara protein dan ligan gaya luar semakin besar. Gaya interaksi untuk kecepatan tarikan 540, 450, 350 kJ mol-1nm-1. Untuk ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik melibatkan residu D37, E54, I90 dan yang terakhir lepas adalah D37.

Item Type:	Thesis (Undergraduate)
Department:	S1 - Farmasi
Contributors:	Contribution Contributors NIDN / NIDK Email Thesis advisor Widjajakusuma, E. Catherina NIDN0705047401 ecwidj@ukwms.ac.id
Uncontrolled Keywords:	FKBP12, S35Dt, sikloheksimida, umbrella sampling, fast pulling ligand.
Subjects:	Pharmacy
Divisions:	Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User:	Umbu Djama Putra Djami
Date Deposited:	22 Jan 2026 08:47
Last Modified:	22 Jan 2026 08:47
URI:	https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/45990

Actions (login required)

View Item