Pengaruh jarak antara protein MIP-S35D terhadap interaksi ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik dengaan menggunakan umbrella sampling

Sari, Umi Nabila (2025) Pengaruh jarak antara protein MIP-S35D terhadap interaksi ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik dengaan menggunakan umbrella sampling. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

Preview	Text (ABSTRAK) ABSTRAK.pdf Download (539kB) | Preview
Preview	Text (BAB 1) BAB 1.pdf Download (527kB) | Preview
	Text (BAB 2) BAB 2.pdf Restricted to Registered users only Download (404kB) | Request a copy
	Text (BAB 3) BAB 3.pdf Restricted to Registered users only Download (251kB) | Request a copy
	Text (BAB 4) BAB 4.pdf Restricted to Registered users only Download (536kB) | Request a copy
Preview	Text (BAB 5) BAB 5.pdf Download (189kB) | Preview

Abstract

MIP (Macrophage Infectivity Potentiator) termasuk dalam keluarga protein pengikat FK506 binding protein (FKBP12) yang menunjukkan adanya aktivitas peptidyl-prolyl-cis/trans-isomerases (PPIase). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik yang berperan dalam interaksi antara protein MIP dan ligan S35D. Ikatan hidrogen berperan penting dalam menstabilkan interaksi protein MIP dan ligan S35D, akan tetapi interaksi hidrofobik yang terbentuk antara residu protein MIP dengan ligan S35D yang menentukan kestabilan interaksi kompleks tersebut. Total waktu simulasi yang dilakukan adalah 45 x 10 ns dengan snapshot yang diambil pada waktu 50000 ps, 96000 ps, 115000 ps, 125000 ps, untuk menganalisis interaksi antara protein MIP dengan ligan S35D. Terdapat tiga ikatan hidrogen terjadi pada kompleks MIP-S35D, yaitu dua ikatan hidrogen yang melibatkan residu R112, dan satu ikatan hidrogen dengan S113. Di lain pihak, interaksi hidrofobik yang melibatkan residu F65, F126 dan W86 terlepas lebih lambat daripada ikatan hidrogen. Interaksi hidrofobik lebih mendominasi interaksi protein MIP-ligan S35D dan menstabilkan kompleks tersebut.

Item Type:	Thesis (Undergraduate)
Department:	S1 - Farmasi
Contributors:	Contribution Contributors NIDN / NIDK Email Thesis advisor Widjajakusuma, Elisabeth Catherina NIDN0705047401 UNSPECIFIED
Uncontrolled Keywords:	Macrophage infectivity potentiator, S35D, ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik, umbrella sampling
Subjects:	Pharmacy
Divisions:	Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User:	UMI NABILA SARI
Date Deposited:	19 Jan 2026 06:33
Last Modified:	19 Jan 2026 06:33
URI:	https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/45785

Actions (login required)

View Item