Pengaruh pemilihan jumlah trayektori terhadap perubahan energi bebas MIP-Rapamycin menggunakan metode Umbrella Sampling dengan kecepatan tarikan 0,005 nm ps-1

Siahaan, Yunita Br. (2025) Pengaruh pemilihan jumlah trayektori terhadap perubahan energi bebas MIP-Rapamycin menggunakan metode Umbrella Sampling dengan kecepatan tarikan 0,005 nm ps-1. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

Preview	Text (ABSTRAK) ABSTRAK yunita br rev.pdf Download (455kB) | Preview
Preview	Text (BAB 1) BAB 1.pdf Download (686kB) | Preview
	Text (BAB 2) BAB 2.pdf Restricted to Registered users only Download (3MB) | Request a copy
	Text (BAB 3) BAB 3.pdf Restricted to Registered users only Download (810kB) | Request a copy
	Text (BAB 4) BAB 4.pdf Restricted to Registered users only Download (1MB) | Request a copy
Preview	Text (BAB 5) BAB 5.pdf Download (1MB) | Preview

Abstract

Legionnaires’ disease merupakan penyakit yang berasal dari bakteri Gram negatif yang disebut Legionella pneumophila. Salah satu faktor virulensi dari bakteri Legionella pneumophila dalam menginfeksi sel makrofag alveolar manusia adalah MIP (Macrophage Infectivity Potentiator) yang termasuk dalam keluarga FKBP (FK506 binding protein). Penelitian ini menggunakan metode Umbrella Sampling untuk menghitung perubahan energi bebas (ΔG) kompleks protein MIP-ligan Rapamycin. Simulasi dilakukan dengan kecepatan tarikan 0,005 nm ps-1 menggunakan variasi jumlah trayektori yaitu 35, 40 dan 45. Umbrella Sampling merupakan metode perhitungan energi bebas dengan pengambilan sampel di sepanjang koordinat reaksi yang dipilih dan dihitung potensial gaya rata-rata (PMF). Pada penelitian ini diperoleh hasil perubahan energi bebas masing-masing untuk jumlah trayektori 35 yaitu -39,918 kJ/mol, jumlah trayektori 40 hasilnya yaitu -38,413 kJ/mol dan jumlah trayektori 45 hasilnya yaitu -38,802 kJ/mol. Hasil tersebut menunjukkan semakin sedikit jumlah trayektori yang digunakan, maka perubahan energi bebasnya meningkat.

Item Type:	Thesis (Undergraduate)
Department:	S1 - Farmasi
Contributors:	Contribution Contributors NIDN / NIDK Email Thesis advisor Widjajakusuma, Elisabeth Catherina NIDN0705047401 ecwidj@ukwms.ac,id
Uncontrolled Keywords:	Legionella pneumophila, MIP, Rapamycin, Perhitungan Energi Bebas, Umbrella Sampling
Subjects:	Pharmacy
Divisions:	Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User:	YUNITA BR. SIAHAAN
Date Deposited:	20 Jan 2026 02:14
Last Modified:	20 Jan 2026 02:16
URI:	https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/45781

Actions (login required)

View Item