Pengaruh pemilihan jumlah trayektori terhadap ΔG pengikatan FKBP12-rapamycin dengan metode umbrella sampling pada selisih jarak COM 0,025 nm

Lambu, Maria Angelika Oktaviani (2025) Pengaruh pemilihan jumlah trayektori terhadap ΔG pengikatan FKBP12-rapamycin dengan metode umbrella sampling pada selisih jarak COM 0,025 nm. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

Preview	Text (ABSTRAK) ABSTRAK.pdf Download (608kB) | Preview
Preview	Text (BAB 1) BAB 1.pdf Download (207kB) | Preview
	Text (BAB 2) BAB 2.pdf Restricted to Registered users only Download (326kB) | Request a copy
	Text (BAB 3) BAB 3.pdf Restricted to Registered users only Download (231kB) | Request a copy
	Text (BAB 4) BAB 4.pdf Restricted to Registered users only Download (565kB) | Request a copy
Preview	Text (BAB 5) BAB 5.pdf Download (212kB) | Preview

Abstract

FKBP12 dan MIP memiliki kemiripan struktur yang memungkinkan keduanya berinteraksi dengan rapamycin. Namun interaksi rapamycin dengan FKBP12 memicu efek imunosupresif sehingga diperlukan ligan yang lebih selektif terhadap MIP. Pemahaman mengenai afinitas dan spontanitas pengikatan FKBP12-rapamycin dapat memberikan manfaat untuk menemukan ligan yang selektif terhadap MIP tanpa menyebabkan efek imunosupresif. Penelitian ini menggunakan simulasi dinamika molekul dengan metode umbrella sampling untuk menghitung perubahan energi bebas (ΔG) interaksi FKBP12-rapamycin pada jumlah trayektori 25, 35, 45, 55, 65, 75, 85, dan 95 dengan selisih jarak COM 0,025 nm. Hasil perhitungan menunjukkan nilai ΔG dari setiap variasi jumlah trayektori tersebut secara berturut-turut adalah -62,545 kJ/mol; -63,881 kJ/mol; -63,962 kJ/mol; -64,601 kJ/mol; -64,784 kJ/mol; -64,874 kJ/mol; -64,849 kJ/mol; dan -64,981 kJ/mol. Pada trayektori 55 hingga trayektori 95 persentase perbedaannya kurang dari 1% menunjukkan perubahan nilai ΔG yang sangat kecil. Sehingga dapat dikatakan jumlah trayektori 55 adalah jumlah trayektori paling optimal. Pada histogram dan grafik profil energi bebas terdapat celah di antara trayektori 14 dan trayektori 19 dengan besar celah 0,2105 nm. Dibandingkan dengan penelitian yang menggunakan jarak COM 0,05 nm, penelitian ini memperoleh celah yang paling kecil menunjukkan interaksi antara protein dan ligan terekam lebih lengkap sehingga perhitungan perubahan energi bebas lebih akurat.

Item Type:	Thesis (Undergraduate)
Department:	S1 - Farmasi
Contributors:	Contribution Contributors NIDN / NIDK Email Thesis advisor Widjajakusuma, Elisabeth Catherina NIDN0705047401 ecwidj@ukwms.ac.id
Uncontrolled Keywords:	FKBP12, Rapamycin, Umbrella Sampling, Perubahan Energi Bebas (ΔG)
Subjects:	Pharmacy
Divisions:	Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User:	Maria Angelika Oktaviani Lambu
Date Deposited:	14 Jan 2026 04:04
Last Modified:	14 Jan 2026 04:04
URI:	https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/45574

Actions (login required)

View Item