Pengaruh jarak antara protein MIP dan rapamycin terhadap interaksi ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik dengan menggunakan umbrella sampling

Suyanto, Tiara Wulandari Adi (2024) Pengaruh jarak antara protein MIP dan rapamycin terhadap interaksi ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik dengan menggunakan umbrella sampling. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (733kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf
Download (309kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (730kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (198kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (733kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB 5.pdf
Download (317kB)

Abstract

MIP (Macrophage Infectivity Potentiator) meningkatkan virulensi berbagai patogen, termasuk Legionella pneumophilla MIP (Macrophage Infectivity Potentiator) adalah protein dari keluarga FKBP atau protein pengikat FK506 yang dapat menunjukkan aktivitas enzim peptidyl-prolyl cis/trans isomerase (PPIase). Penelitian ini akan dilakukan simulasi lanjutan menggunakan metode Umbrella Sampling dengan kecepatan tarikan 0,01 nm ps-1 terhadap interaksi antara protein MIP dengan ligan rapamycin. Ikatan hidrogen memainkan peran penting dalam menstabilkan interaksi protein-ligan. Ikatan hidrogen yang terbentuk antara residu rapamycin dan FKBP12 berkontribusi pada stabilitas kompleks. Topologi struktur disetimbangkan dengan GROMACS dan dilanjutkan dengan metode Umbrella Sampling. Hasil setelah simulasi selama 450ns menunjukkan perubahan yang terjadi pada ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik dalam selang waktu 50ps, 70ps, 100ps, 125ps, 140ps, 185, 195ps, 255ps. Interaksi Hidrofobik yang paling stabil adalah interaksi ikatan hidrogen dengan residu Y109 dengan oksigen karbonil pada gugus keton. Ikatan hidrogen yang pertama kali terputus adalah pada gugus karboksilat pada rantai samping dari residu D66.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN0705047401
ecwidj@ukwms.ac.id
Uncontrolled Keywords: Macrophage Infectivity Potentiator, Umbrella Sampling, Rapamycin, Ikatan Hidrogen, Ikatan Hidrofobik.
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Users 14780 not found.
Date Deposited: 16 Jan 2025 02:33
Last Modified: 16 Jan 2025 02:33
URI: https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/41963

Actions (login required)

View Item View Item