Simulasi dinamika kompleks MIP-rapamycin pada konsentrasi garam fisiologis

Ngutra, Elisabetta Gabriela (2025) Simulasi dinamika kompleks MIP-rapamycin pada konsentrasi garam fisiologis. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (638kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB I.pdf
Download (238kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB II.pdf
Restricted to Registered users only
Download (466kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB III.pdf
Restricted to Registered users only
Download (28kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB IV.pdf
Restricted to Registered users only
Download (1MB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB V.pdf
Download (141kB)

Abstract

Legionnaires’ disease disebabkan karena menghirup aerosol yang telah terkontaminasi oleh bakteri Legionella pneumophila. Macrophage Infectivity Potentiator (MIP) merupakan faktor virulensi dari bakteri Legionella pneumophila yang berperan untuk pembentukan infeksi intraseluler, yang merupakan lipoprotein homodimerik yang teralokasi pada permukaan bakteri. Pada penelitian ini akan mempelajari interaksi kompleks protein MIP dengan ligan rapamycin pada konsentrasi garam fisiologis. Topologi dan koordinat GROMACS dihasilkan dengan medan gaya AMBER18 untuk mensimulasikan kompleks. Simulasi kompleks selama 400 ns menunjukan rata-rata nilai RMSD untuk semua atom protein 0,2745 nm dan nilai rata-rata untuk atom tulang belakang 0,1983 nm. RMSF untuk semua atom protein 0,1444 nm dan nilai rata-rata untuk atom tulang belakang 0,0964 nm. Ikatan hidrogen yang terbentuk yaitu pada residu Q78, I83, Y109, dan D66. Interaksi ikatan hidrofobik diamati pada residu W86 dengan gugus pipekolil dari ligan rapamycin stabil dengan jarak rata-rata 0,4661 nm.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN0705047401
ecwidj@ukwms.ac.id
Uncontrolled Keywords: Legionella pneumophila, macrophage Infectivity Potentiator, Simulasi Dinamika Kompleks, Rapamycin, Konsentrasi Garam Fisiologis.
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Users 14836 not found.
Date Deposited: 14 Jan 2025 09:22
Last Modified: 14 Jan 2025 09:22
URI: https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/41930

Actions (login required)

View Item View Item