Simulasi dinamika kompleks FKBP12-rapamycin pada konsentrasi garam fisiologis

Baleare, Christianty Stevani Margaretha (2024) Simulasi dinamika kompleks FKBP12-rapamycin pada konsentrasi garam fisiologis. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (419kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf
Download (159kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (746kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (136kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (525kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB 5.pdf
Download (286kB)

Abstract

FK506-Binding protein (FKBP) adalah jenis protein yang berperan penting dalam mekanisme kerja obat imunosupresif seperti FK506 (tacrolimus) dan rapamycin (sirolimus). FKBP12 atau FK506 memiliki berat molekul sebesar 12 kDa. Pada penelitian ini akan mempelajari interkasi kompleks protein FKBP12 dengan ligan rapamycin pada konsentrasi garam fisiologis, menggunakan metode simulasi dinamika molekul. Topologi dan koordinat GROMACS dihasilkan dengan medan gaya AMBER18 untuk simulasi kompleks. Simulasi dinamika molekul selama 400 ns menunjukkan nilai rata-rata RMSD untuk semua atom protein 0,1506 nm dan untuk atom tulang belakang 0,0812 nm. Hasil nila rata-rata dari perhitungan RMSF untuk semua atom protein 0,1021 nm dan untuk atom tulang belakang 0,0537 nm. Interaksi ikatan hidrogen yang terbentuk selama waktu simulasi 400 ns yaitu pada residu I56, Y82, D37, E54, Q53. Interaksi ikatan hidrogen yang diamati pada residu W59 dengan gugus pipekolil dari ligan rapamycin. Nilai rata-rata yang dihasilkan ± standar deviasi 0,4571 ± 0,0168.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN0705047401
ecwidj@ukwms.ac.id
Uncontrolled Keywords: FKBP12, rapamycin, simulasi dinamika molekul, konsentrasi garam fisiologis.
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Users 14670 not found.
Date Deposited: 14 Jan 2025 03:41
Last Modified: 14 Jan 2025 03:41
URI: https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/41825

Actions (login required)

View Item View Item