Kristanto, Anung (2025) Simulasi pendahuluan protein MIP-Ligan S35D untuk persiapan umbrella sampling. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.
![[thumbnail of ABSTRAK]](https://repositori.ukwms.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (ABSTRAK)
Abstrak_Anung Kristanto.1.pdf Download (435kB) |
|
Text (BAB 1)
Bab 1_Anung kristanto.pdf Download (173kB) |
|
Text (BAB 2)
Bab 2_Anung kristanto.pdf Restricted to Registered users only Download (430kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 3)
Bab 3_Anung kristanto.pdf Restricted to Registered users only Download (220kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 4)
Bab 4_Anung kristanto.pdf Restricted to Registered users only Download (526kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 5)
Bab 5_Anungkristanto.pdf Download (173kB) |
Abstract
Macrophage infectivity potentiator (MIP) merupakan salah satu faktor virulensi yang terdapat pada Legionella pneumophila yang memiliki peran dalam membantu bakteri menginfeksi sel target. Protein MIP ini memiliki kemiripan struktur dengan FK506 binding protein 12 (FKBP12) yang berada pada manusia. Kemiripan pada struktur antara MIP dan FKBP12 ini mengakibatkan ligan yang seharunya berikatan dengan MIP dapat berikatan juga dengan FKBP12 sehingga penting untuk mencari ligan yang selektif terhadap protein MIP. Pada penelitian ini akan mempelajari interaksi kompleks MIP dengan ligan S35D menggunakan metode simulasi pendahuluan umbrella sampling. Simulasi pendahuluan umbrella sampling dilakukan dengan menggunakan metode fast pulling ligand (FPL). Pada simulasi ini akan dilakukan pengamatan beberapa parameter simulasi seperti RMSD, RMSF gaya tarik, jarak COM dan interaksi hidrogen dan hidrofobik selama simulasi menggunakan tiga kecepatan tarikan yaitu 0,01, 0,005, 0,001 nm ps-1. Pada penelitian ini interaksi MIP-S35D terlepas pada waktu 27, 68 dan 283 ps masing-masing pada kecepatan tarikan 0,01, 0,005, 0,001 nm ps-1. Sedangkan untuk interaksi gaya tarikan yaitu 410, 370, 260 kJ mol-1nm-1 pada kecepatan 0,01, 0,005, 0,001 nm ps-1. Ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik selama simulasi melibatkan residu R112, S113, Q81, W86, F65 dan yang terakhir lepas S113 dan W86.
| Item Type: | Thesis (Undergraduate) |
|---|---|
| Department: | S1 - Farmasi |
| Contributors: | Contribution Contributors NIDN / NIDK Email Thesis advisor Widjajakusuma, Elisabeth Catherina NIDN070504740 UNSPECIFIED |
| Uncontrolled Keywords: | Legionella pneumophila, MIP, sikloheksimida, umbrella sampling, fast pulling ligand |
| Subjects: | Pharmacy |
| Divisions: | Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program |
| Depositing User: | ANUNG KRISTANTO |
| Date Deposited: | 21 Jul 2026 05:30 |
| Last Modified: | 21 Jul 2026 05:30 |
| URI: | https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/47397 |
Actions (login required)
 |
View Item |