Pengaruh interval jarak COM terhadap Delta-G pengikatan MIP-Rapamycin menggunakan metode umbrella sampling dengan kecepatan tarikan 0,001 nm ps-1

Fidiyah, Afifah Nur (2026) Pengaruh interval jarak COM terhadap Delta-G pengikatan MIP-Rapamycin menggunakan metode umbrella sampling dengan kecepatan tarikan 0,001 nm ps-1. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (638kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf
Download (221kB)
[thumbnail of BAB 2] Text (BAB 2)
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (378kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3] Text (BAB 3)
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (237kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4] Text (BAB 4)
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (444kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5] Text (BAB 5)
BAB 5.pdf
Download (193kB)

Abstract

MIP (Microphage Infectivity Potentiator) merupakan faktor virulensi dari bakteri Legionella pneumophila penyebab terjadinya penyakit Legionnaires’ disease. MIP ini memiliki aktivitas peptidyl-prolyl cis/trans isomerase (PPIase) yang berperan terhadap kelangsungan hidup dari bakteri Legionella pneumophila. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah variasi interval jarak COM dan perbedaan kecepatan tarikan akan mempengaruhi perhitungan perubahan energi bebas (ΔG) pada pengikatan protein MIP dan ligan Rapamycin menggunakan metode Umbrella Sampling. Metode Umbrella Sampling ini adalah teknik yang digunakan untuk memperoleh profil energi bebas melalui pengambilan sampel yang dilakukan sepanjang koordinat reaksi yang dipilih. Penelitian ini menggunakan kecepatan tarikan 0,001 nm ps-1. Perhitungan perubahan energi bebas dengan interval jarak COM 0,050 nm, 0,098 nm (jarak COM awal 1,238 nm), 0,098 nm (Jarak COM awal 1,281 nm) dan 0,147 nm menghasilkan masing-masing -43,395 kJ/mol, -51,280 kJ/mol, -37,062 kJ/mol, dan -46,498 kJ/mol. Hasil penelitian ini menunjukkan adanya celah pada semua variasi interval jarak COM. Adanya celah tersebut menyebabkan nilai perubahan energi bebasnya berbeda.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, E. Catherina
NIDN0705047401
elisabeth-c@ukwms.ac.id
Uncontrolled Keywords: MIP, rapamycin, perhitungan energi bebas (ΔG), umbrella sampling, interval jarak COM
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Afifah Nur Fidiyah
Date Deposited: 15 Jul 2026 08:28
Last Modified: 15 Jul 2026 08:28
URI: https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/47182

Actions (login required)

View Item View Item