Gandhi, Regina (2026) Pengaruh jarak COM Mip-Rapamycin terhadap ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik menggunakan metode umbrella sampling dengan kecepatan 0,005 nm ps-1. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.
![[thumbnail of ABSTRAK]](https://repositori.ukwms.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf Download (753kB) |
|
Text (BAB 1)
BAB 1.pdf Download (379kB) |
|
Text (BAB 2)
BAB 2.pdf Restricted to Registered users only Download (706kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 3)
BAB 3.pdf Restricted to Registered users only Download (160kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 4)
BAB 4.pdf Restricted to Registered users only Download (630kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 5)
BAB 5.pdf Download (278kB) |
Abstract
Protein Macrophage Infectivity Potentiator (Mip) merupakan protein virulensi pada Legionella pneumophila yang memiliki aktivitas peptidyl prolyl cis/trans isomerase (PPIase). Aktivitas tersebut dapat dihambat oleh rapamycin melalui pembentukan kompleks dengan protein Mip. Ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik berperan dalam mempertahankan pengikatan rapamycin pada protein Mip. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui peranan ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik menggunakan metode umbrella sampling dengan kecepatan penarikan 0,005 nm ps⁻¹.Simulasi dilakukan selama 450 ns dan dianalisis berdasarkan perubahan interaksi selama proses pelepasan ligan dari kantong pengikatan protein. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semakin jauh jarak antara protein Mip dan ligan rapamycin menyebabkan interaksi ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik terputus secara bertahap. Interaksi ikatan hidrogen melibatkan residu Y55, T76, S80, I83, dan Q81, dengan interaksi yang melibatkan residu Q81 bertahan paling lama hingga 201 ns. Interaksi hidrofobik melibatkan residu F77, W86, dan V114, dengan interaksi antara residu F77 dan gugus piranosil rapamycin bertahan paling lama hingga 210 ns. Interaksi hidrofobik bertahan lebih lama dibandingkan ikatan hidrogen sehingga berperan lebih besar dalam mempertahankan pengikatan rapamycin pada protein Mip.
| Item Type: | Thesis (Undergraduate) |
|---|---|
| Department: | S1 - Farmasi |
| Contributors: | Contribution Contributors NIDN / NIDK Email Thesis advisor Widjajakusuma, Elisabeth Catherine NIDN070504740 UNSPECIFIED |
| Uncontrolled Keywords: | Mip, rapamycin, umbrella sampling, ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik |
| Subjects: | Pharmacy |
| Divisions: | Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program |
| Depositing User: | Regina Gandhi |
| Date Deposited: | 14 Jul 2026 01:42 |
| Last Modified: | 14 Jul 2026 01:42 |
| URI: | https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/47105 |
Actions (login required)
 |
View Item |