Pengaruh pemilihan jumlah trayektori terhadap ΔG pengikatan Mip-rapamycin dengan metode umbrella sampling dan kecepatan tarikan 0,001 nm ps-1

Putri, Dewi Soviyana (2026) Pengaruh pemilihan jumlah trayektori terhadap ΔG pengikatan Mip-rapamycin dengan metode umbrella sampling dan kecepatan tarikan 0,001 nm ps-1. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.

[thumbnail of ABSTRAK] Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf
Download (633kB)
[thumbnail of BAB 1] Text (BAB 1)
BAB 1.pdf
Download (273kB)
[thumbnail of BAB 2.pdf] Text
BAB 2.pdf
Restricted to Registered users only
Download (561kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 3.pdf] Text
BAB 3.pdf
Restricted to Registered users only
Download (272kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 4.pdf] Text
BAB 4.pdf
Restricted to Registered users only
Download (380kB) | Request a copy
[thumbnail of BAB 5.pdf] Text
BAB 5.pdf
Download (289kB)

Abstract

Macrophage Infectivity Potentiator (Mip) merupakan salah satu faktor virulensi yang berperan dalam proses infeksi bakteri Legionella pneumophila. Perubahan energi bebas (ΔG) digunakan untuk mengevaluasi kekuatan dan kestabilan pengikatan kompleks protein-ligan. Penelitian ini menggunakan metode Umbrella Sampling karena mampu menghitung perubahan energi bebas melalui pengambilan sampel di sepanjang koordinat reaksi dan menghasilkan profil potensial gaya rata-rata (PMF). Penelitian ini bertujuan untuk menghitung nilai ΔG pengikatan kompleks Mip-rapamycin menggunakan variasi jumlah trayektori serta mengetahui pengaruhnya terhadap hasil perhitungan. Simulasi dilakukan pada kecepatan tarikan 0,001 nm ps⁻¹ menggunakan variasi jumlah trayektori sebanyak 35, 40, dan 45. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai ΔG untuk 35, 40, dan 45 trayektori berturut-turut sebesar -43,219 kJ/mol, -43,420 kJ/mol, dan -43,395 kJ/mol. Perbedaan nilai ΔG yang diperoleh relatif kecil, sehingga menunjukkan bahwa variasi jumlah trayektori memberikan pengaruh yang sangat kecil terhadap hasil perhitungan energi bebas pengikatan kompleks Mip-rapamycin.

Item Type: Thesis (Undergraduate)
Department: S1 - Farmasi
Contributors:
Contribution
Contributors
NIDN / NIDK
Email
Thesis advisor
Widjajakusuma, Elisabeth Catherina
NIDN070504740
elisabeth-c@ukwms.ac.id
Uncontrolled Keywords: Mip, Legionella pneumophila, Rapamycin, Perubahan Energi Bebas, Umbrella Sampling
Subjects: Pharmacy
Divisions: Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program
Depositing User: Dewi Soviyana Putri
Date Deposited: 16 Jul 2026 07:03
Last Modified: 16 Jul 2026 07:03
URI: https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/47103

Actions (login required)

View Item View Item