Fanggi, Deatrix Sevilla (2026) Pengaruh jarak COM MIP-Rapamycin terhadap interaksi non kovalen menggunakan metode umbrella sampling. Undergraduate thesis, Widya Mandala Surabaya Catholic University.
![[thumbnail of ABSTRAK]](https://repositori.ukwms.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (ABSTRAK)
ABSTRAK.pdf Download (591kB) |
|
Text (BAB 1)
BAB 1.pdf Download (258kB) |
|
Text (BAB 2)
BAB 2.pdf Restricted to Registered users only Download (448kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 3)
BAB 3.pdf Restricted to Registered users only Download (276kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 4)
BAB 4.pdf Restricted to Registered users only Download (912kB) | Request a copy |
|
Text (BAB 5)
BAB 5.pdf Download (293kB) |
Abstract
Macrophage Infectivity Potentiator (MIP) merupakan salah satu faktor virulensi utama Legionella pneumophila, termasuk dalam protein pengikat FK506 (FKBP) yang memiliki aktivitas enzim peptidyl-prolyl cis/trans isomerase (PPIase). MIP melalui aktivitas PPIase, membantu kelangsungan hidup bakteri di dalam makrofag, dengan menghambat proses fagositosis. Aktivitas ini dapat dihambat oleh senyawa makrolida rapamycin (sirolimus). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh jarak COM (center of mass) antara protein MIP dengan ligan rapamycin terhadap interaksi non kovalen dengan kecepatan tarikan 0,001 nm ps⁻¹ menggunakan metode umbrella sampling. Ikatan hidrogen berperan penting dalam menstabilkan interaksi protein MIP dengan ligan rapamycin, akan tetapi interaksi hidrofobik yang terbentuk antara residu protein MIP dengan ligan rapamycin yang menentukan kestabilan interaksi kompleks tersebut. Total waktu simulasi yang dilakukan adalah 45 x 10 ns dengan snapshot yang diambil pada waktu 50 ns, 100 ns, dan 150 ns untuk menganalisis interaksi antara protein MIP dengan ligan rapamycin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa residu-residu yang berperan dalam pembentukan ikatan hidrogen meliputi Q78, V82, I83, Y109, D66 dan Q81, sedangkan residu yang terlibat dalam interaksi hidrofobik meliputi V82, W86, Y109 dan F77 terlepas lebih lambat daripada ikatan hidrogen. Interaksi hidrofobik lebih mendominasi interaksi protein MIP-Rapamycin dan menstabilkan kompleks tersebut.
| Item Type: | Thesis (Undergraduate) |
|---|---|
| Department: | S1 - Farmasi |
| Contributors: | Contribution Contributors NIDN / NIDK Email Thesis advisor Widjajakusuma, Elisabeth Catherina NIDN0705047401 UNSPECIFIED |
| Uncontrolled Keywords: | Macrophage Infectivity Potentiator (MIP), rapamycin, ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik, umbrella sampling |
| Subjects: | Pharmacy |
| Divisions: | Faculty of Pharmacy > Pharmacy Study Program |
| Depositing User: | Deatrix Sevilla Fanggi |
| Date Deposited: | 13 Jul 2026 08:41 |
| Last Modified: | 13 Jul 2026 08:41 |
| URI: | https://repositori.ukwms.ac.id/id/eprint/47046 |
Actions (login required)
 |
View Item |